COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 10.573331 8.384286 8.273666
2020-10-16 17:00:00 10.833099 8.369767 8.165256
2020-10-15 17:00:00 8.934262 8.934262 8.033141
2020-10-14 17:00:00 8.369767 8.369767 7.805636
2020-10-13 17:00:00 8.398804 8.398804 7.549553
2020-10-12 17:00:00 7.743634 7.743634 7.354949
2020-10-11 17:00:00 7.940851 7.940851 7.081710

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 9.284818 9.284818 8.808555
2020-10-16 17:00:00 8.286778 12.100612 8.601600
2020-10-15 17:00:00 10.712401 8.304853 8.376197
2020-10-14 17:00:00 8.848315 8.848315 8.016398
2020-10-13 17:00:00 8.133705 8.133705 7.737007
2020-10-12 17:00:00 8.546384 8.546384 7.453408
2020-10-11 17:00:00 5.292096 5.292096 7.072837

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 5.121294 5.121294 2.831881
2020-10-16 17:00:00 5.107527 5.107527 2.660827
2020-10-15 17:00:00 3.752535 3.752535 2.523802
2020-10-14 17:00:00 0.929752 0.929752 2.391927
2020-10-13 17:00:00 0.666112 0.666112 2.199880
2020-10-12 17:00:00 8.461538 1.136364 2.070951
2020-10-11 17:00:00 1.351351 1.351351 1.957779

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 3.136470 3.136470 2.454118
2020-10-16 17:00:00 3.698332 1.921682 2.424943
2020-10-15 17:00:00 1.992846 1.992846 2.360304
2020-10-14 17:00:00 2.464066 2.464066 2.274253
2020-10-13 17:00:00 1.846412 1.846412 2.198620
2020-10-12 17:00:00 4.315961 4.315961 2.115020
2020-10-11 17:00:00 2.063679 2.063679 2.019401

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 12.340277 6.485209 8.156959
2020-10-16 17:00:00 11.115029 6.778316 8.306167
2020-10-15 17:00:00 10.156813 9.343620 8.439904
2020-10-14 17:00:00 10.114999 10.114999 8.531463
2020-10-13 17:00:00 8.879877 8.879877 8.649977
2020-10-12 17:00:00 10.792305 10.792305 8.800664
2020-10-11 17:00:00 7.479617 7.479617 8.839131

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 11.120749 6.653366 6.610382
2020-10-16 17:00:00 9.324649 6.564964 6.578209
2020-10-15 17:00:00 7.040721 7.040721 6.417055
2020-10-14 17:00:00 4.319572 4.319572 6.303809
2020-10-13 17:00:00 7.611607 7.611607 6.155216
2020-10-12 17:00:00 8.318934 8.318934 6.105025
2020-10-11 17:00:00 8.283003 8.283003 5.947724

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 11.337407 11.337407 7.932551
2020-10-16 17:00:00 9.723041 9.723041 7.906112
2020-10-15 17:00:00 6.595538 6.595538 7.617913
2020-10-14 17:00:00 7.407407 7.407407 7.269231
2020-10-13 17:00:00 3.865717 3.865717 7.034547
2020-10-12 17:00:00 5.694981 5.694981 6.825693
2020-10-11 17:00:00 12.125000 12.125000 6.568038

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 4.297635 8.095122 4.832723
2020-10-16 17:00:00 4.908923 4.908923 4.682526
2020-10-15 17:00:00 4.837527 4.837527 4.542664
2020-10-14 17:00:00 4.918033 3.577574 4.428060
2020-10-13 17:00:00 4.715368 4.715368 4.291176
2020-10-12 17:00:00 3.105102 3.105102 4.143922
2020-10-11 17:00:00 3.551259 3.551259 3.998882

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 21.531323 21.531323 18.525043
2020-10-16 17:00:00 23.722628 23.722628 18.047584
2020-10-15 17:00:00 18.477331 18.477331 17.240794
2020-10-14 17:00:00 17.779961 17.779961 16.563576
2020-10-13 17:00:00 16.635653 16.635653 15.880723
2020-10-12 17:00:00 25.375171 9.504343 15.339076
2020-10-11 17:00:00 23.436551 23.436551 14.693949

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 14.985656 14.985656 11.140820
2020-10-16 17:00:00 12.834253 12.834253 10.666647
2020-10-15 17:00:00 10.173245 10.173245 10.233278
2020-10-14 17:00:00 10.026643 10.026643 9.657005
2020-10-13 17:00:00 9.446340 9.446340 9.126239
2020-10-12 17:00:00 7.310924 7.310924 8.513464
2020-10-11 17:00:00 10.371859 10.371859 7.941667

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 9.909910 9.909910 9.070893
2020-10-16 17:00:00 9.655751 9.655751 8.708065
2020-10-15 17:00:00 9.648518 9.648518 8.424950
2020-10-14 17:00:00 9.341587 9.341587 8.088654
2020-10-13 17:00:00 9.172260 9.172260 7.747170
2020-10-12 17:00:00 7.889126 7.889126 7.288593
2020-10-11 17:00:00 7.510431 7.510431 6.932657

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 6.863780 4.711538 4.147492
2020-10-16 17:00:00 3.954802 3.954802 3.989025
2020-10-15 17:00:00 3.318584 5.769231 3.776534
2020-10-14 17:00:00 5.056180 5.056180 3.527963
2020-10-13 17:00:00 9.333333 2.761905 3.274845
2020-10-12 17:00:00 1.678657 1.678657 2.999526
2020-10-11 17:00:00 5.944798 5.944798 2.821298

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 16.298633 16.298633 12.470204
2020-10-16 17:00:00 11.840888 11.840888 12.229556
2020-10-15 17:00:00 10.913140 10.913140 11.638883
2020-10-14 17:00:00 17.366947 17.366947 11.172205
2020-10-13 17:00:00 7.943925 7.943925 10.649665
2020-10-12 17:00:00 8.823529 8.823529 10.219943
2020-10-11 17:00:00 10.606061 10.606061 9.772394

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 13.804714 13.804714 9.370871
2020-10-16 17:00:00 18.137255 6.372549 9.229156
2020-10-15 17:00:00 15.816327 15.816327 9.072265
2020-10-14 17:00:00 5.078809 5.078809 8.935651
2020-10-13 17:00:00 9.427609 9.427609 8.807811
2020-10-12 17:00:00 3.125000 8.179959 8.811588
2020-10-11 17:00:00 7.800000 7.800000 8.630091

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 21.255194 11.852176 12.671859
2020-10-16 17:00:00 20.732323 12.601010 12.593674
2020-10-15 17:00:00 13.579598 11.739795 12.414815
2020-10-14 17:00:00 25.240263 25.240263 12.164814
2020-10-13 17:00:00 17.390012 17.390012 11.840521
2020-10-12 17:00:00 9.997798 9.997798 11.674883
2020-10-11 17:00:00 8.178364 8.178364 11.168426

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 9.618027 9.618027 7.407684
2020-10-16 17:00:00 7.819136 8.958214 7.267669
2020-10-15 17:00:00 7.152797 7.152797 7.186202
2020-10-14 17:00:00 9.090909 9.090909 7.040392
2020-10-13 17:00:00 4.245283 5.204568 6.781928
2020-10-12 17:00:00 8.143154 4.548088 6.617405
2020-10-11 17:00:00 11.355115 6.299213 6.546343

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 4.765396 4.765396 6.443959
2020-10-16 17:00:00 6.487805 6.487805 6.551216
2020-10-15 17:00:00 7.808564 5.520571 6.704309
2020-10-14 17:00:00 6.259620 6.259620 6.787325
2020-10-13 17:00:00 7.343312 6.057063 6.721788
2020-10-12 17:00:00 9.772727 9.772727 6.757385
2020-10-11 17:00:00 10.280374 10.280374 6.793235

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 9.335692 9.335692 7.495043
2020-10-16 17:00:00 11.123941 6.428022 7.321328
2020-10-15 17:00:00 8.600992 8.600992 7.137922
2020-10-14 17:00:00 8.329540 8.329540 6.964727
2020-10-13 17:00:00 6.416907 6.416907 6.741382
2020-10-12 17:00:00 12.552654 6.597299 6.485703
2020-10-11 17:00:00 10.694995 6.665919 6.261931

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 9.533623 7.290788 7.421038
2020-10-16 17:00:00 10.033223 7.282392 7.364604
2020-10-15 17:00:00 7.374032 7.374032 7.263793
2020-10-14 17:00:00 7.765024 7.765024 7.105730
2020-10-13 17:00:00 8.897127 8.897127 6.945883
2020-10-12 17:00:00 7.470343 7.470343 6.806074
2020-10-11 17:00:00 6.357600 6.357600 6.570736

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 9.990253 7.041910 7.956443
2020-10-16 17:00:00 13.561644 10.136986 8.060510
2020-10-15 17:00:00 13.377416 7.349949 8.006175
2020-10-14 17:00:00 7.106855 7.106855 7.910250
2020-10-13 17:00:00 9.791217 9.791217 7.732345
2020-10-12 17:00:00 6.687754 6.687754 7.673245
2020-10-11 17:00:00 7.917889 7.917889 7.554033

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 31.075697 21.212121 24.844256
2020-10-16 17:00:00 25.233645 25.233645 24.184530
2020-10-15 17:00:00 29.130435 43.086817 23.173695
2020-10-14 17:00:00 27.205882 27.205882 22.034296
2020-10-13 17:00:00 18.232044 18.232044 20.999835
2020-10-12 17:00:00 21.333333 21.333333 20.067214
2020-10-11 17:00:00 10.344828 10.344828 18.876088

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-17 17:00:00 16.702633 16.702633 12.824856
2020-10-16 17:00:00 30.890742 30.890742 12.549368
2020-10-15 17:00:00 8.291874 8.291874 12.019282
2020-10-14 17:00:00 8.025898 8.025898 11.346307
2020-10-13 17:00:00 26.766004 26.766004 10.829185
2020-10-12 17:00:00 13.104275 13.104275 10.462594
2020-10-11 17:00:00 9.945504 9.945504 9.883615

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.284818 9.284818 8.808555
Basilicata 5.121294 5.121294 2.831881
Calabria 3.136470 3.136470 2.454118
Campania 12.340277 6.485209 8.156959
Emilia-Romagna 11.120749 6.653366 6.610382
Friuli Venezia Giulia 11.337407 11.337407 7.932551
Lazio 4.297635 8.095122 4.832723
Liguria 21.531323 21.531323 18.525043
Lombardia 14.985656 14.985656 11.140820
Marche 9.909910 9.909910 9.070893
Molise 6.863780 4.711538 4.147492
P.A. Bolzano 16.298633 16.298633 12.470204
P.A. Trento 13.804714 13.804714 9.370871
Piemonte 21.255194 11.852176 12.671859
Puglia 9.618027 9.618027 7.407684
Sardegna 4.765396 4.765396 6.443959
Sicilia 9.335692 9.335692 7.495043
Toscana 9.533623 7.290788 7.421038
Umbria 9.990253 7.041910 7.956443
Valle d'Aosta 31.075697 21.212121 24.844256
Veneto 16.702633 16.702633 12.824856

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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